Durante años se ha insistido en que la razón del declive de los principales centros urbanos mayas era un misterio. Pero tras intensas investigaciones y excavaciones arqueológicas en la región que ocuparon muchos científicos creen haber dado con algunas de las razones por las cuales los mayas se vieron precisados a abandonar sus ciudades.
Los territorios mayas estaban conformados por pequeños Estados que en muchas ocasiones se hallaban en guerra permanente unos con otros. Las estelas de Toniná indican que esa ciudad emprendió una agresiva campaña militar que la llevó a ocupar sitios tan importantes como Palenque o Piedras Negras. No resultaría extraño pues pensar que otros Estados de la región pudieran haber emprendido campañas similares obligando a los mayas a huir.
Por otra parte, en esta época tuvo lugar un grave desajuste climático. El clima debió tener graves consecuencias para la agricultura. Dado que culturalmente estas catástrofes podían ser atribuidas a la inefectividad de la clase sacerdotal, tal vez una rebelión acabó con el sistema maya como se había conocido hasta entonces.
Se cree que tras la decadencia nunca existió una migración masiva hacia Yucatán, salvo por algunos grupos aislados. La mayor parte de la población se quedó en la zona, como demuestran estudios con ADN mitocondrial, y durante el período posclásico contribuyeron a un nuevo período de apogeo. En la península de Yucatán, los pueblos nahuatlizados contribuyeron a un nuevo florecimiento de los pueblos mayas. Sin embargo las rivalidades entre las élites de la región llevó a un nuevo declive de las grandes ciudades. Cuando los españoles llegaron a Yucatán, encontraron la región dividida en pequeños Estados hostiles entre sí, razón por la que no fue difícil someterlos. Algunos grupos se refugiaron en el Petén, donde crearon un pequeño reino independiente con capital en Tayasal hasta 1697.