Cuando materiales como papel están en ambientes con humedad de 65%. son dañados fácilmente por hongos. Las esporas de los hongos están siempre presentes y sólo requieren de un ambiente adecuado para desarrollarse, siendo muy propicios aquéllos con humedad sobre 65% y con 22 grados Celsius de temperatura. Si bien se han reportado más de 200 tipos de hongos que atacan libros y documentos, los más frecuentes son los hongos pertenecientes a los géneros Aspergí llus y Penicillium.
A simple v ista, el daño debido a hongos se aprec ia en la forma de pequeñas manchas de color gris, negro o café (marrón). Para poder diferenciarlos se requiere un microscopio. También las bacterias pueden dañar al papel. Los hongos y las bacterias atacan con más facilidad a los documentos y los libros antiguos, porque éstos contienen pegamento de origen animal. Se ha comprobado que los más delicados son los papeles anteriores al siglo XIX. Una vez consumido el pegamento, los microorganismos continúan con la celulosa, principal componente del papel. El resultado es un papel quebradizo, que a la larga se desintegra.
Existen algunos tipos de hongos y bacterias que dejan manchas amarillas o rojas, cuyo color se debe a pigmentos producidos por el microorganismo. No hay que confundir estas manchas con las manchas rojizas producto de la oxidación del fierro contenido en el papel, que con las altas humedades se disuelve y penetra en la fibra.
El papel se desinfecta con Timol. En el interior de un armario se pone el papel dañado sobre una estantería con perforaciones, que esté sobre un calentador eléctrico donde se deposita una paila con cristales de timol. El cable del calentador se saca por un agujero bien sellado, al igual que el resto del mueble. Use una cinta engomada para sellar. Al encender el calefactor, el timol se vaporizará en una o dos horas, después de las cuales se apaga el calentador y se deja el mueble sellado por dos semanas.
Para prevenir daños por hongos y bacterias es preciso mantener su colección de libros o documentos en un ambiente bien ventilado, con poca luz y seco. Si el daño por hongos es leve, pásele un pincel, después de secarlo en un sitio seco, bien ventilado, pero no muy caliente. La limpieza es recomendable realizarla fuera de la casa para no contaminar al resto. El calor producido por la luz solar elimina los hongos, pero también daña al papel.