Los efectos de la orfandad se ven a largo plazo en especial en cuanto al desarrollo deficitario en cuanto a lo social, cognitivo, psicológico y físico, por lo general cuanto menor es la edad del niño que ha quedado huérfano y cuanto más tiempo se queda en un orfanato tendrá un efecto negativo en el niño en cuanto a su desarrollo físico, especialmente se ve afectado su sistema inmune y la disminución de la recuperación física y el crecimiento normal, debido principalmente a la falta de cariño que experimenta.
Un estudio de la universidad de Minnesota ha demostrado que los niños que viven en orfanatos tienen un menor crecimiento hormonal por lo que la entrada a la pubertad se retrasa entre un año o dos años.
Otra investigación realizada por la universidad de Makerer ha encontrado que los trastornos psiquiátricos entre los niños del orfanato eran 3,5 veces mas probable comparando con los niños que conviven con sus familias. Esto es debido a que los niños pequeños no están plenamente preparados para el proceso de duelo o separación y todavía no entienden la finalidad de la muerte, ocasionan en el niño un aumento de la ira, la depresión, la ansiedad y otros problemas emocionales.
Los niños huérfanos debido a la privación de tocar, recibir y dar caricias, hacen que aumente en ellos el cortisol que es una hormona del estrés, y debido a estos altos niveles produce una inhibición en el desarrollo normal de los tejidos del cerebro produciendo que se dañen estos tejidos. Debido a esto, la región mas afectada es el hipocampo, lo que produce en el niño dificultades en el aprendizaje y fallo en su memoria.
Al privar a los huérfanos de una exposición real de cuidados amorosos, de afecto y calor hace que se dificulte que desarrollen una conexión social saludable. El contacto físico contribuye al desarrollo del sistema nervioso, la confianza en los demás y al sentido de autoestima. La carencia táctil hace que los niños sean más susceptibles a la paranoia, la inseguridad y el resentimiento.