Uno de los problemas que surgen en los hogares colectivos juveniles, es que en ocasiones hay jóvenes con antecedente delincuencial mezclados con otros jóvenes, por lo que éstos últimos se encuentran expuestos a situaciones de alto riesgo, esto es debido a que en los hogares colectivos juveniles no son selectivos al albergar al individuo, produciéndose una integración de todo tipo de conductas, como consecuencia algunos jóvenes pueden ser afectados por la conducta desviada de otros.
Otro factor que contribuye a crear problemas es la inestabilidad de colocación, ya que comúnmente los niños son removidos de su hogar original y se los ubica en hogares de parientes y en algunos casos terminan en hogares de grupo. Debido a estos constantes cambios que se producen dentro del sistema de bienestar, aparecen los problemas de conducta. Por otro lado se ha comprobado que los niños que viven entornos de grupo tienen un bajo rendimiento académico en las escuelas y muestran un alto ausentismo a las clases, por lo que en general logran un bajo nivel de educación.
Todo esto tiene su origen en que los niños no cuentan con un lugar adecuado donde estudiar y realizar sus tareas escolares, ni tampoco con alguien quien los ayude con la tarea, además de la posibilidad de estar rodeados constantemente de la presencia de compañeros con actitud amenazante que interrumpen su iniciativas e intentos de estudiar.
Cabe mencionar un hecho que puede surgir en estos hogares juveniles es el desarrollo de sentimientos de inutilidad, de baja autoestima, de depresión, ya que algunos niños no tienen familia y otros no reciben visitas y se sienten solos, abandonados, carentes de apoyo, cariño y atenciones. En estos casos seria importante que contaran con asistencia profesional psicológica, o realizaran alguna terapia, que lamentablemente en la realidad no disponen.