Las pagodas se originaron como estructuras religiosas budistas y pueden hallarse a través del este de Asia. Aún son usadas como centros religiosos en esos lugares, las estructuras con estilo pagoda se han vuelto populares en occidente como construcciones decorativas de jardín y piezas de arquitectura.
Las pagodas como las conocemos se originaron en india. Las estructuras con forma de domo llamadas estupas se usaban como tumbas. Específicamente, la estupa del santo budista Sakyamuni influenció las posteriores pagodas. Cuando Sakyamuni murió, sus restos cremados fueron venerados como reliquias y la estupa se erigió para albergar a los restos y se convirtió en un lugar de veneración. Los budistas hindúes comenzaron a usar estupas para guardar las reliquias de otros santos, así como para las escrituras sagradas. Las estupas se volvieron un foco de la práctica budista en india.
Cuando el budismo alcanzó China en el siglo I de la era cristiana, también lo hicieron las estupas. Con el tiempo, las más recientes estupas construidas comenzaron a tomar las formas tradicionales de la arquitectura china. Muchas pagodas chinas de las primeras épocas estaban construidas sobre bases cuadradas o circulares y frecuentemente se usaba madera para su construcción. Debido a la susceptibilidad de la madera para pudrirse y desgastarse, muy pocas pagodas de madera pudieron sobrevivir, y las más antiguas existentes datan del siglo XII. Durante los siglos IV al VII, los ladrillos y las rocas reemplazaron a la madera como los principales materiales de construcción y las bases octagonales fueron las más predominantes. También fue en China donde las pagodas comenzaron a desarrollar sus característicos techos de varios niveles con los bordes levantados en forma de puntas. Las pagodas en China fueron usadas principalmente como una parte de los complejos de templos budistas o taoístas.