Los jugadores pueden construir en cualquier lugar del mapa en Minecraft aunque construir estructuras subacuáticas toma más tiempo y planeación que aquéllas sobre tierra.
Primeramente debes localizar un cuerpo de agua lo suficientemente profundo para la construcción que tienes en mente. Como en la vida real, el agua se hace más profunda en el océano del juego mientras más te mueves de la costa. Genera un mundo nuevo e intenta una vez más si no puedes encontrar un cuerpo de agua lo suficientemente cercano para cumplir tu propósito
Construye un perímetro alrededor de tu sitio de construcción. Tu sitio necesita estar completamente rodeado para prevenir que el agua se desborde mientras estás construyendo. Usa tierra o arena para edificar un muro desde el piso del océano hasta el nivel del mar. Los bloques de arena, a diferencia de los de tierra, se ven afectados por la gravedad, así que una vez que construyas un túnel de bloque individual de tierra o arena, coloca bloques de arena adyacentes al bloque superior del túnel. Los bloques de arena caerán al piso del océano. Continúa apilándolos de esta manera alrededor de tu perímetro.
Elimina el agua dentro del perímetro. Ahora que tu sitio de construcción está delimitado del océano, debes sacar el agua remanente de él. Arrastra bloques de arena en el perímetro de la misma manera como en el paso anterior y llena completamente el interior del área con arena.
Excava toda la arena. Usa las manos de tu personaje o una pala para eliminar toda la arena dentro del área de construcción. Una vez que la arena ya no exista, quedarás con un área vacía en la cual puedes construir.
Construye tu edificación. Ten en cuenta el nivel del mar y no construyas por encima de éste si quieres que tu estructura sea un edificio verdadero y oculto por debajo del agua. Llena las áreas de las ventanas con bloques de cristal; de otra forma, tu construcción se inundará una vez que el área de construcción se vuelva a llenar con agua.
Vuelve a llenar el área con agua. La construcción necesitará ser cubierta por agua para convertirse en una estructura subacuática, así que necesitas volver a llenar el perímetro interior con agua. Vierte agua antes de demoler la pared perimetral; si destruyes la pared primero, el agua inundará irregularmente y todo lucirá lleno de charcos. La forma más sencilla de llenar el área de agua rápidamente es descargando un editor de inventario tal como Inside Job y usarlo para agregar cientos de bloques de agua al inventario de tu personaje. Con este método, puedes evitar un proceso laborioso de recolectar agua con una cubeta.
Finalmente demuele la pared perimetral.